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SNP检测实验外包

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SNP检测实验外包


SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人类基因组中的发生频率比?#32454;擼?#22823;约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此?#36824;?#27867;用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

SNP检测实验外包服务项目

1、TaqMan探针法
  针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。?#27604;?#28082;中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析

2.SNaPshot法
  该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基?#30001;?#21407;理的?#20013;?#25216;术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP?#20013;?#39033;目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度?#30001;?#24341;物和PCR产物模板的?#20174;?#20307;系中,引物?#30001;?#19968;个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该?#30001;?#20135;物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR?#20174;?#20307;系来获得。

3、HRM法
  高分辨率熔解曲线分析(HRM)是近?#25913;?#20852;起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本低,结果准确,并且实?#33267;?#30495;正的闭管操作

4、Mass Array法
  MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的上ling先的基因分析工具,通过引物?#30001;?#25110;切割?#20174;?#19982;灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合,实?#21482;?#22240;?#20013;?#26816;测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计高达40重的PCR?#20174;?#21644;基因型检测,实验设计灵活,?#20013;?#32467;果准确性高。根据应用需要,对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时,MassARRAY具有佳的性价比,特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证,或者是有限数量的研?#35838;?#28857;已经确定的情况。


5、Illumina BeadXpress法
  采用Illumina公司的BeadXpress系统进?#20449;?#37327;SNP位点检测,可以同时检测1-384个SNP位点,往往用于基因组芯片结果确认,适?#32454;?#36890;量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,极高的集成密度,从而获得极高的检测筛选速度,在高通量筛选时?#19978;?#33879;降低成本。

6、KASP基因?#20013;?#25216;术
       KASP是竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的缩写,可在广泛的基因组DNA样品中(甚至是一些复杂基因组的DNA样品),对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP?#20013;?#20197;及检测InDels (Insertions and Deletions,插入和缺失)。

 

 

 

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